inner-trip

( ... )
Само собой разумеется, что выдающиеся ученые, обладавшие недюжинной энергией и интересовавшиеся самыми разнообразными вещами, были всегда; есть они и сейчас, и многие из них читали все, о чем обычно говорят в литературных кругах. Но это исключение. Большинство же, когда мы пытались выяснить, какие книги они читали, скромно признавались: "Видите ли, я пробовал читать Диккенса..." И это говорилось таким тоном, будто речь шла о Райнере Марии Рильке. то есть о писателе чрезвычайно сложном, доступном пониманию лишь горсточки посвященных и вряд ли заслуживающем настоящего одобрения. Они в самом деле относятся к Диккенсу, как к Рильке. Одним из самых удивительных результатов этого опроса явилось, наверное, открытие, что творчество Диккенса стало образцом непонятной литературы.

( ... )

Не будем забывать, что мы говорим о высокоинтеллигентных людях. Во многих отношениях их строгая культура заслуживает всяческого восхищения. Искусство занимает в этой культуре весьма скромное место, правда за одним, но весьма важным исключением - музыки. Обмен мнениями, напряженные дискуссии, долгоиграющие пластинки, цветная фотография: кое-что для ушей, немного для глаз. ( ... )

Основному тексту предшествует замечательное введение; ни с чем подобным по биологии я, увы, не знаком. Описание современной математики иерархическое, написанное максимально доступным языком, начинается с самых общих соображений, которые иллюстрируются тщательно подобранными примерами.  Авторам - крупным математикам - удается выявить и объяснить подоплеку математического исследования,  не задевая при этом спорных и уводящих в сторону философских вопросов. В качестве некоторой иллюстрации приведу подробное содержание введения.

( Содержание введения... )

http://press.princeton.edu/TOCs/c8350.html
http://gigapedia.com/items/130256/the-princeton-companion-to-mathematics

<...> Тейлор, Иоганн и Даниил Бернулли, Эйлер, Д'Аламбер, Лагранж и многие другие. Эти люди использовали множество виртуозных доказательств сомнительной надежности. Операции с расходящимися рядами, использование мнимых чисел и манипуляции с актуальными бесконечностями эффективно работали в руках наиболее способных из этих авторов. Однако, эти методы не всегда могли быть объяснены менее способным, поэтому воспроизводимость некоторых результатов не была гарантирована - странное состояние математики с современной точки зрения. Чтобы производить вычисления Эйлера, необходимо было быть Эйлером. Такая ситуация сохранялась и на значительном протяжении последующего столетия.

(The Princeton Companion to Mathematics, p.120a)

В диалоге Платона «Законы» один из его участников, афинянин, говорит, что поздно узнал о несоизмеримости и стыдится того, что не знал об этом аньше, потому что «это свойственно не человеку, но скорее каким-то свиньям». Аристотель в «Топике» настаивает на том, что «удовольствию от питья противоположно страдание от жажды, но удовольствию от рассмотрения того, что диагональ несоизмерима со стороной, ничего не противоположно»

www.nsu.ru/classics/Alogoi.pdf

Еще выдержки из воспоминаний Г.П. Щедровицкого.

( Read more... )
Наиболее умные из них, такие, как, скажем, нынешний академик-синхрофазотронщик Борис Кадомцев, даже объясняли мне, в чем дело. Они говорили: ты же пришел сюда получить специальность, профессию, а это значит - уметь делать то-то, то-то и то-то, уметь формулировать в математической форме какие-то задачи, затем уметь их исчислить, скажем, продифференцировать, проинтегрировать, и в этом состоит высшее образование. А все эти твои вопросы - почему? каковы понятия? как они вообще образуются? - не имеют никакого отношения к профессии и профессионализации.
Конечно, это меня не удовлетворяло. Если на меня товарищи смотрели как на идиота, потому что все, что я спрашивал, не укладывалось в их сознании, то точно так же и я довольно скоро начал смотреть на них в какой-то мере как на идиотов. Ведь если какой-то раздел уже отработан и "сдан", и я начинал спрашивать, почему они делают так, а не иначе (а спрашивал я все это в модальности познания и саморазвития), то выяснялось, что они просто этого не знают. Вот он получил "пятерку" и высоко оценен преподавателем, а любые отклонения от шаблона приводят его в тупик. Больше того, приходится тратить очень много сил, чтобы объяснить, что, собственно говоря, я спрашиваю. Но и после того, как он начинал что-то понимать, задумываться и, наконец, говорил: "Ага, вот теперь я понял", разговора не получалось, он от него уходил, это его не интересовало. Обычно говорили: "А это вообще все - зады". Фраза "это - зады" была очень характерной.
( Read more... )<...>
Это очень важный момент - на что обращено сознание человека. А обращенность эта определяется тем, насколько в практических, конкретных обстоятельствах непосредственного человеческого общения, взаимодействий людей, прямых жизненных обязанностей, насколько в этих практических ситуациях присутствует "положенное" идеальное содержание, насколько оно становится постоянным и обыденным для этого человека.
Представьте себе такую ситуацию. Отец, скажем, занимается какими-то сложными инженерными разработками. Они настолько сложны, или, может быть, засекречены, или носят чисто технический характер, что это не "кладется" как содержание постоянного обсуждения. Мать, скажем, занимается каким-то делом, которое точно так же носит специализированный и неинтересный характер, и, может быть, она тоже не живет содержанием своей работы, а живет как бы внешней поверхностью явлений, т.е. возникающими по поводу этого отношениями между людьми. Тогда оказывается, что в семье и в семейном обсуждении идеальное содержание просто отсутствует как таковое. И ребенок, фиксируя какие-то моменты жизни, деятельности, взаимоотношений людей, реально никогда не прорывается к этому содержанию, повторяю - к идеальному содержанию, которое есть единственно подлинное содержание. Если родители не "кладут" идеальное содержание своей профессиональной деятельности в коммуникацию, если они просто мыследействуют, то ребенок фиксирует содержание совершенно другого рода - коммунальное, обыденное.
( Read more... )

Воспоминания Г.П. Щедровицкого, лидера Московского Методологического Кружка - эдакая c удивлением рефлексирующая махина, потрясающе интересно.
( Read more... )
Я спросил у Петра Алексеевича, почему, собственно, Георгий Иванович был таким жестким. Он мне ответил, что Челпанов никогда не был добреньким, он был человеком очень прямым, всегда предельно определенным и никогда не пытался создавать у людей ложных впечатлений. Он сказал, что Челпанов учил его, что всякий научный тезис и всякое положение всегда направлены против чего-то. Поэтому первое, что он привык спрашивать у начинающего ученого: против чего вы? что вы хотите разрушить? что вы хотите преодолеть? "И я, - сказал Петр Алексеевич Шеварев, - постоянно это спрашиваю у своих аспирантов. И когда мне отвечают в манере, которая принята в наши дни, что он-де не против чего-то, что он всегда только за, я перестаю контактировать и общаться с таким человеком, потому что я уже знаю, что в науке ему нет места.
<...>
( Read more... )
В общем, весь его доклад был в духе и по рецепту 30-х годов: одна параллель, другая параллель, одно постановление, другое постановление... Атмосфера сгущается и наступает, как это принято говорить в плохой журналистике, гробовая тишина.
А *.* завелся, он уже синего цвета и в качестве кульминации, с пафосом, очень громко бросает в зал, как бомбу:
- Поскольку Выготский отрицал ленинскую теорию отражения...
Вижу я, что дело идет черт знает куда, - и вот, когда он это сказал, я заорал на весь зал:
- Клевета!
Причем так же резко и с таким же пафосом.
Наступила тишина. *.* еще больше посинел и повторил:
- Поскольку Выготский отрицал ленинскую теорию отражения..., - затем еще немножко посинел и снова повторил:
- Поскольку Выготский отрицал ленинскую теорию..., - и начал заваливаться назад. Медленно.
К нему подскочили, а он все синеет, глаза у него закрываются, и он падает назад и теряет сознание. Переполох в президиуме, переполох в зале, все вокруг орут, шумят, крики, то да се, кто-то побежал за "скорой помощью", народ встает - надо выносить человека.
Я сижу и думаю: снова убил человека, вот же мало мне Трахтенберга - тут еще и про этого будут говорить...( Read more... )

Начало оглавления последней книги автора "Эволюции без отбора":

1. I am an Inconspicuous and Unattractive Creature Painted with Lipstick
2. They Say That I Resemble a Sausage
3. The Cell Is My Castle and Prison But I May Swim and Dance like an Odalisque in a Harem
4. The Striptease Show — How I Dress and Undress at Every Cell Division
<...>

http://gigapedia.com/items/332195/praise-of-chromosome--quot-folly-quot---confessions-of-an-untamed-molecular-structure--leverhulme-lectures-

Ответ на предыдущий вопрос:
( Read more... )
Следующий вопрос:

On 2 August 1830, shortly after the conclusion of the Revolution of 1830, resulting in the fall of Charles X from the French throne, Frederic Soret of Geneva recorded a memorable conversation with his friend, the naturalistpoet Johann Wolfgang von Goethe:

The news of the Revolution of July, which had already commenced, reached Weimar today, and set everyone in a commotion. I went in the course of the afternoon to Goethe's. "Now," he exclaimed as I entered, "what do you think of this great event? The volcano has come to an eruption; everything is in flames, and we no longer have a transaction behind closed doors!" "A frightful story," I replied. "But what else could be expected under such notorious circumstances and with such a ministry, than that matters would end with the expulsion of the royal family?" "We do not appear to understand each other, my good friend," replied Goethe. "I am not speaking of those people at all, but of something entirely different. <Далее следует ответ Гёте>" This expression of Goethe's was so unexpected that I did not know what to say, and for some minutes felt my thoughts completely at a standstill.

Итак, какое событие взбудоражило бывшего первого министра саксонского двора в дни Июльской революции?

http://bioturnir.ru/tub/tasks
( Read more... )
2. "Асимметрия" По внутреннему строению тело человека значительно асимметричнее, чем по внешнему. С чем это может быть связано? Верно ли это наблюдение для всех животных? Можно ли распространить этот принцип на остальные живые организмы? Приведите примеры и сделайте соответствующие пояснения.
( Read more... )
7. "Жизнь без углеводов" Углеводы, вероятно, менее обязательны для функционирования живых систем, чем нуклеиновые кислоты, белки или липиды. Приведите несколько примеров, когда традиционные функции углеводов выполняют другие вещества. Предложите принципы строения жизнеспособного безуглеводного организма. Какие экологические ниши он может занимать?
( Read more... )
12. "Обратная трансляция" Одной из основных концепций ламаркизма является возможность переноса информации от фенотипа к генотипу, обеспечивающая наследование приобретенных признаков. Механизмы такого переноса информации не выявлены, но, в принципе, их существование возможно. Одним из ключевых мог бы быть процесс обратной трансляции. Предложите молекулярный механизм обратной трансляции, основываясь на логике реально существующих клеточных процессов. Почему такой путь переноса информации не возник в ходе эволюции?
( Read more... )

Правильный ответ на вопрос 1.
( Read more... )
Следующий вопрос.

Поразительный контраст. На фоне довольно длинного списка духовных деятелей, внесших солидный вклад в науку, фигурирует только одна светская фигура - императора Священной Римской империи Фридриха II Гогенштауфена. Это был один из немногих атеистов тех времен, и он был в свое время отлучен папой. Он был, как свойственно в те времена всем монархам, страстным соколиным охотником, написал о соколиной охоте книгу и будучи наблюдательным человеком, отметил, что <...>. В XIX веке это правило было вновь открыто <...> и получило название "<...>". Вот едва ли не единственное открытие, которым осчастливили науку феодалы разных рангов, имевшие достаточно свободного времени, но которые считали занятиями, достойными рыцарей, лишь войну и охоту.

В чем заключается это правило?

Какой положительный вклад католическая церковь внесла в развитие генетики человека?
Френды-генетики и френды-иезуиты отвечают не задумываясь, комментарии скрываются.

Некоторые эксперты оценивают перспективы нейтральных гипотез в эволюционной геномике менее оптимистично, чем eugene_koonin. Вот что пишут Mark Pagel и Andrew Pomiankowski, редакторы "Evolutionary Genomics and Proteomics" (2007):
( Read more... )

Там же, к слову, упоминается еще одна более-менее универсальная закономерность, открытая эволюционной геномикой:
( Read more... )
http://gigapedia.com/items/266119/evolutionary-genomics-and-proteomics

В связи с юбилеем выхода «Происхождения видов» в этом году подводятся некоторые итоги развития эволюционной теории. Рассмотрев в увлекательном обзоре изменения, связанные с вкладом геномики, Е.Кунин делает, в частности, вывод: «the insistence on adaptation being the primary mode of evolution that is apparent in the Origin, but especially in the Modern Synthesis, became deeply suspicious if not outright obsolete, making room for a new worldview that gives much more prominence to non-adaptive processes».
http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/gkp089v1

Однако наиболее целостным биологическим уровнем организации является организменный, именно его изучение является собственной задачей биологии, в том числе эволюционной:
http://ivanov-petrov.livejournal.com/644308.html
С этой точки зрения данные, суммируемые в обзоре, можно интерпретировать радикально иначе, в духе саморазоблачения.

Что является объектом эволюционной геномики?
( Read more... )
Какие универсальные закономерности обнаружила эволюционная геномика?
( Read more... )
Итак, должны ли особенности эволюционной геномики внести критический вклад в пересмотр теории эволюции организмов, или с общебиологической точки зрения они представляют собой эпифеномен?

Джон Бёрдон Сандерсон Холдейн (1892-1964) был удивительным человеком. Его отец, Джон Скотт Холдейн - крупнейший специалист по физиологии дыхания (эффект Холдейна), автор многочисленных экспериментов на самом себе и физиологический виталист: доказывал, что не биология должна быть сведена к физике и химии, а физика и химия - стать похожими на биологию. По иронии судьбы, сын стал одними из создателей СТЭ, независимо от Опарина выдвинул гипотезу абиогенетического происхождения жизни, дал первую (и неплохую) оценку скорости мутагенеза, ввел понятие генетического груза, написал классический труд по энзимологии и отредактировал издание трудов Энгельса. Он поддержал семейную традицию проведения экспериментов на себе, что стоило ему поврежденного позвоночника. Последние годы проработал в Индии в знак протеста против действий Англии во время Суэцкого кризиса.

http://vivovoco.rsl.ru/VV/PAPERS/BIO/HALDANE.HTM

Советский фильм 1940-го года об оживлении животных - представляет Дж.Б.С.Холдейн.
( Read more... )

Продолжение истории про происхождение бактериального жгутика: http://inner-trip.livejournal.com/26337.html

( Read more... )
This story is interesting not only because PNAS has published a deeply flawed paper, something that has happened previously in other prestigious journals, particularly when dealing with ‘hot’ topics. Rather, this case illustrates the caveats of automated sequence analysis, which can only be trusted if the results pass a ‘sanity check’ by a well-trained biologist.

История заимствована из колонки "Genomics Update", которую в "Environmental Microbiology" остроумно ведет Михаил Гальперин: http://scholar.google.com/scholar?hl=en&lr=&q=my+galperin+"genomics+update"&btnG=Search

A true reconstruction of the course of evolution is the ideal of every taxonomist.
(Kluyver and van Niel, 1936)

Мистер Томпкинс и расшифровка генетического кода.

The idea that the digital DNA sequences of four letters determined the protein sequences of twenty letters by means of a code is so unconventional in biology that had Gamow’s paper been submitted by almost anyone else it would most certainly have been rejected. This was in fact the case. After he had been elected to the U.S. National Academy of Sciences, Gamow sent his paper to be published in the Proceedings of the National Academy of Sciences. He included his fictional friend Mr. Thompkins as coauthor. Smelling a rat, the editors returned the paper. Gamow sent the paper, without Mr. Thompkins as an author, to be published by the Royal Danish Academy, where he also had been elected a member (Gamow, 1954b). The editors of science journals had learned either to take this big, genial Ukrainian American seriously or to accept the consequences. Gamow immediately set about to find the code letters by cryptographic means (Gamow and Ycas, 1958).

(Ibid., p.11)

Georgy Gamow, Alexander Rich, Paul Doty, Robert Ledley, Martynas Ycas, Robley Williams, Alexander Dounce, Richard Feynman, Melvin Calvin, N.Simons, Edward Teller, Erwin Chargaff, Nicholas Metropolis, Gunther Stent, James Watson, H. Gordon, Leslie Orgel, Max Delbrück, Francis Crick, Sydney Brenner.

Что объединяет этих людей?
Вопрос вроде бы несложный, комментарии скринятся.

Биография В.П.Скулачева, рассказанная им самим.
Selected Topics in the History of Biochemistry VII: Personal Recollections (Comprehensive Biochemistry, Vol 42) (2003)
http://rapidshare.com/files/45309709/semen0444509240.rar
Научная часть некоторым известна из курса биоэнергетики, поэтому приведу другие отрывки

( Read more... ) I attended a meeting of Mr. X with the electors and realized that he is a Lysenko-style demagogue who may ruin MSU if being elected. This is why I agreed with a suggestion of Professor A.A. Bogdanov, Deputy Director of the Belozersky Institute and my old friend, to be also involved in the Rector elections as an alternative ‘‘noncommunist’’ candidate. In this case, it was a chance to take some votes of revolutionary oriented electors supporting Mr. X. This was quite probable since, in fact, Mr. X, like Sadovnichii, was also a Communist Party member whereas I have never joined any party in my life. Certainly, there was some risk to be elected: the Belozersky Institute was very popular in MSU due to not only good science made here but also to its democratic traditions which sounded especially well in that time. ( Read more... )
<...>
In November, 1992, I visited Professor H. Michel in Frankfurt. A conversation after my talk was suddenly interrupted by an urgent call from the USA. It was Dr. A. Goldfarb who was speaking: ‘‘YesterdayMr. George Soros decided to donate US $ 100 million for Russian science. You should come to Washington to attend his press conference and thank him for his generous gift.’’ ( Read more... )

На статью L. Kelley & M. Scott "The evolution of biology", вызвавшую сильное раздражение своей поверхностью и одиозностью:)
http://nature-wonder.livejournal.com/157157.html

Предположительное отсутствие простых объясняющих принципов в биологии действительно связано с двумя особенностями, указанными в статье, но ни одно из них не является уникальным. Непрозрачность интерпретации результатов моделирования - это, например, и проблема некоторых областей физики:
http://flying-bear.livejournal.com/661578.html?thread=11563082#t11563082
А подчиненение разнообразия скорее не набору законов, а набору граничных условий - это одна из существующих на данный момент парадигм лингвистики.

Теперь по тексту.

( Read more... )
In biology, too, there is one simple high-level generalization: the theory of evolution.
В противовес историческому подходу разрабатывается и будет в итоге разработан комплементарный способ понимания, биология не хуже других наук. Понятно, что он должен включать математическое моделирование, но основанное , в отличие от системной биологии, на качественных методах и простейших модельных объектах. Создание искусственных систем, но "с нуля", а не путем непрозрачного упрощения сложных объектов, которым занимается в настоящее время синтетическая биология. Этот способ понимания можно назвать конструктивной биологией.
http://gigapedia.org/items/56405/life--an-introduction-to-complex-systems-biology--understanding-complex-systems-
( Read more... )

С.М. Миркин, "Размышляя о Р.Б. ..."

<...>The second story occurred during the burial of R.B.’s urn, several months after his death. Everybody from our lab, as well as many scientists from other institutes, were present. After a couple of formal speeches, one of R.B.’s closest friends, the onelegged, unkempt David Goldfarb, came to the podium and said an incredible thing. “The scientific way of thinking is an unconventional way of thinking, and my friend R.B. was a dissident in the full sense of the word.”
<...>
And what exactly was meant by David Goldfarb, remained unclear. I figured it out many years later, already in the States, from conversations with direct participants of some crucial events, Ed Trifonov, Maxim Frank-Kamenetskii, and David Goldfarb.

In the mid-1970s, Ed Trifonov, a senior scientist in the Radiobiological Department of the Institute of Atomic Energy and a faculty member of the Moscow Physical–Technical Institute, applied for emigration to Israel. The situation was unusual considering that both institutions were secure.

При погружении в высшую математику у меня вызвал раздражение теоретико-множественный язык, казалось, что можно думать и иначе. Потом привык. И вот:

http://www.polit.ru/science/2008/10/16/manin.html

<...> после Кантора и Бурбаков в мозгах, что бы там ни говорили, сидит теоретико-множественная математика. Когда я про что-то впервые начинаю говорить, я объясняю это в терминах бурбакистских структур: топологическое пространство, линейное пространство, поле вещественных чисел, алгебраическое расширение конечной степени, фундаментальная группа… Я иначе не могу. Если там что-то совсем новое, я говорю, что это множество с такой-то структурой; раньше была похожая, ее называли так-то; другую похожую называли так-то; а я накладываю немного другие аксиомы и буду называть так-то.

Начинаешь говорить – начинаешь с этого. То есть исходным образом было это канторовское дискретное множество, на котором потом намечалось что-то дополнительное по Бурбакам.

Но происходят и психологически фундаментальные изменения. Сейчас эти изменения происходят в форме сложных теорий и теорем, при которых оказывается, что замещением старого образа-cтруктуры, например, натуральных чисел, служит некоторый правополушарный образ. Вместо множества, рассыпанного на элементы, мы наблюдаем какие-то смутные пространства, которые могут очень сильно деформироваться, отображаться друг в друга, причем каждый раз конкретное пространство не важно, а важно только пространство с точностью до деформации. Если мы очень хотим вернуться к дискретному образу, мы рассматриваем непрерывные компоненты, те куски, из которых это все состоит. Раньше все эти пространства возникали как собранные из канторовских множеств, потом были отображения между ними, собранные из канторовских отображений, потом гомотопии и т.д. Это была довольно сложная лестница, и множества были внизу. На мой взгляд – это надо проработать, я в этом уверен довольно сильно, но не на сто процентов, в общественном сознании сейчас происходит переворот: низом становится правополушарная картина мира, гомотопическая, а если вы хотите говорить в дискретных терминах, то вы производите факторизации. То есть канторовские точки стали не точками, а, скорее, аттракторами, областями притяжения, непрерывными компонентами и так далее – с самого начала. Канторовская проблема бесконечности перестает быть актуальной: оно все с самого начала настолько бесконечно, что если вы хотите из него изготовить что-то конечное, то вы его должны очень сильно ужать.

All flesh is glass
http://ivanov-petrov.livejournal.com/313082.html

Ambulare lepus vult.
Subito venator it,
Statim lepor occidit!
Pif-paf, ti-ta-tu -
Lepus meus moritur.
Postquam dom ill affertur,
Vivus ill efficitur!

вероятно, наиболее успешным из ныне живущих молекулярных биологов советского происхождения.
<...>
How strong was your father's influence (knowing that he was a substantial scientist)?

It must have been important, in more ways than one. Here's my father's advice, given when I was 16. "So you are interested in biology. Good. But ignore biology for now, kind of. Get the best background in math, physics and chemistry that you can possibly achieve, then worry about biology. Learning biology is much easier than physics and math, so focus on them first." By then, I knew enough to immediately sense he was right.
<...>( Read more... )
Our idea was that Bob would meet me in Helsinki and help with the escape. The two conspirators promised each other to keep mum about their plans. I knew the dates of the symposium, and we decided, a la le Carre, that Bob would wait for me at the Helsinki's railway station every hour on the hour for three days in the row, and that I would try to find him there if I went to Finland, permission being in the hands of my KGB handlers and still uncertain at the time. Two friends in Moscow, Misha Evgenev and Lucya Ulitskaya, then husband and wife, also knew of my plans. Misha was a geneticist at an institute close to IMB. Lucya shepherded two little children then. She is a well known writer today, an outstanding one, actually. I trusted Misha and Lucya entirely, and left with them a few documents, such as my Ph.D. diploma, that I didn't dare to travel with, lest my suitcase be searched.

Источник:
Candid Science VI: More Conversations With Famous Scientists (Candid Science)
By Istvan Hargittai, Magdolna Hargittai (2006)
http://rapidshare.com/files/107494214/1860946933.rar.html
или http://dl1.s23.mihd.net/cq5x9vnr/1860946933.rar (ок. 50 Мб)

Интересное обсуждение состояния дел в физике, математике и других науках:
http://flying-bear.livejournal.com/625266.html
ivanov_petrov
крайне трудно наспех сказать что-то о биологии, но вчерне я попробую. Я бы сказал. что тоже - гдето с 70-х примерно сильное торможение. С той разницей. что в 60-70-е не было такого уж четкого расцвета. Назвать имена трудно. составляющая теоретического знания много ниже - потому имена теоретиков мало показательны.
Причину - не углубляясь, только-научную, я бы назвал так: эффект новых методов. Описание: каждый вводимый новый метод привлекает массу исследователей, которые начинают все поле фактов переописывать в рамках нового метода. при этом теоретическая составляющая каждый раз беднеет. Каждая новая волна начинается с чрезвычайно упрощенных представлений, "дикарских" - давайте просто предположим... Эти дикари работают лет 25-30, и начинает доходить - вот такие оговорки, вот так это взаимодействует, теории надо строить в таком вот стиле.. Тут настигает следующая революция методов. Так кладизм дикарски смел только начавших доходить до варварства теоретиков синтетической теории эволюции. а потом молекулярная биология смела только начинающих хоть немного приходить в отдаленное подобие здравого смысла - кладистов.
Так что внешне это выглядит как волны дикости, связанные с потрясающе интерсными новыми методами исследований. Разумеется, внутренние причины много труднее описать, это только очень внешний взгляд

Я с приведенной точкой зрения не совсем согласен, но хорошо сформулировать пока не могу.

Из интервью с нобелевским лауреатом Дж.Эдельманом:

- Вы можете дать рецепт научного открытия?

- Я расскажу Вам свои соображения по этому поводу в форме анекдота.

Хозяйка дома, квартиру в котором снимал Бетховен, как-то говорит ему: "Бетховен, убирайтесь из моего дома. Ваша кошка пьет мое молоко, Вы выбрасываете грязное белье на лестницу и бренчите всю ночь на пианино, так что я не могу спать. Он отвечает: "Миссис Шмидт, не поступайте так со мной. Вы - мое вдохновение". А она смеется в ответ: "хАхаха-хАА" (первые аккорды 5-й симфонии, "тема судьбы").

Это и есть открытие: случайное стечение обстоятельств, неожиданный эпизод, гипотетическая модель, предвзятое суждение, тщательная проработка вопроса и постоянные попытки отойти (вперед или назад) от установившейся традиции. В случае Бетховена это была классическая венская музыка.

UPD. Да, я понимаю, что правильно "фрау Шмидт", но так в оригинале: http://urss.ru/cgi-bin/db.pl?lang=Ru&blang=ru&page=Book&id=28515&list=256

http://ivanov-petrov.livejournal.com/644308.html?thread=22208212
tsvergy
Хотелось бы только уточнить нижний предел, начиная с которого все эти замечательные теории, расказывающие об изменении/создании новых популяций, смогли собрать воедино некое связное, хоть немного детальное повествование.
Начиная с не очень многоклеточных? С любых eukariotes? C prokaryotes? С molecular machines (http://www.arn.org/mm/mm_index.htm)?
Грубо говоря - про эволюцию флагеллума они уже рассказывают? Не какие флагеллумы разных конструкций бывают, а как они-таки смогли эволюционировать? <...>
Разнообразный науч-поп по эволюции довольно живо рассказывает как некоторые птицы перестали летать, а рыбы вылезли на берег, но ничего не говорит про эволюцию разных мелких механизмов - от флагеллумов до сворачивания крови.
Люди из intelligent design лагеря говорят, что молчит не только науч-по, но и специальная литература. То есть сами-то механизмы активно изучаются, но чем больше о них узнают, тем менее понятно как такое могло получиться в процессе эволюции. (смотри, скажем Darwin's Black Box: The Biochemical Challenge to Evolution by Michael J. Behe)

Реконструкция эволюции объектов молекулярного и клеточного уровня довольно бурно развивается последние лет 15, с появлением полностью секвенированных геномов и сравнительной геномики. "Длинных" связных сценариев, прослеживающих, например, эволюцию от первичных репликаторов до эукариотической клетки, немного. Среди их авторов выделяются, насколько могу судить, Koonin и Cavalier-Smith.

Что касается конкретно флагеллума (бактериального жгутика), то его "нередуцируемая сложность" была одним из аргументов защитников "разумного замысла" на процессе 2005 года в округе Довер http://en.wikipedia.org/wiki/Kitzmiller_v._Dover_Area_School_District Одним из этих защитников был профессор Бехе http://en.wikipedia.org/wiki/Irreducible_complexity Однако их аргументы были признаны неубедительными, а преподавание "разумного замысла " в американских государственных школах - неконституционным.

В 2006 году биологи спохватились (или просто руки дошли), и в Nature Reviews Microbiology вышла статья , в которой рассматриваются возможные сценарии происхождения бактериального жгутика. Бактериальный жгутик состоит из нескольких модулей, каждый из которых имеет "родственников" (гомологов) среди структур, не связанных со жгутиком, и мог раньше выполнять полезные функции, не связанные с движением.

( Немного подробнее... )
X-post: http://community.livejournal.com/darwiniana/33686.html

( Read more... )
http://ivanov-petrov.livejournal.com/958189.html?thread=43704813#t43704813
flying_bear А вот биология непричинна, антипричинна вопиюще. Патамушта эквифинальность. Рассуждения от ответа. От выживания приспособленных, и т.п.<...> Вы, возможно, помните, пресловутый "Разговор физика и биолога", он весь вокруг этого крутился... Понятие причинности в биологии просто несущественно. Там И-П приводил пример с эмбриональным развитием - можно иголочкой ткнуть, можно такой химикат добавить, можно сякой... Результат практически тот же самый.

C этой точки зрения любопытно мнение, высказанное в первой главе "The Development of Animal Form: Ontogeny, Morphology, and Evolution" (A.Minelli, 2003), которую я кратко перескажу. Минелли доказывает, что финализм онтогенеза является либо преувеличением, либо частным принципом .
( Read more... )

Будь то в естественных науках или гуманитарных, или в математике или в философии, или в музыке или литературе, или вообще в любой сфере человеческой деятельности - было ли что-то такое - идея, мысль, звук, теория, метафора - что, когда вы это узнали или поняли, поразило вас до самой глубины души? Показалось таким невероятно прекрасным, что дух захватывает, что думаешь - боже мой, как же это возможно, как же это так бывает?
http://avva.livejournal.com/1948497.html

Судя по комментариям, людей часто поражают идеи, не относящиеся к их специальности. Интереснее, на мой взгляд, определиться с красотой идей в хорошо знакомой области. С биологией мне пришлось, честно говоря, помучаться. В частности, потому что значительная часть идей заимствована из других наук. В итоге оказалось, что многие собственно биологические идеи связаны с эволюцией, что неудивительно.

Итак, предварительный список (могу прокомментировать подробнее):

- Концепция эгоистичного гена и вообще идея иерархической организации естественного отбора (на уровне гена, особи, группы особей, вида, клады).
- Идея происхождения жизни из восстановительного (т.е. вращающегося в обратную сторону) цикла Кребса.
- Эксперимент Ф.Крика и сотрудников по установлению триплетности генетического кода средствами генетики фагов.

Ваш вариант из своей области?:)

P.S. Еще происхождение слуховых косточек млекопитающих из элементов челюстей рыб и рептилий:)

Выкладываю в сокращенном виде мою любимую генетическую историю, про которую не все знают ( http://inner-trip.livejournal.com/24151.html?thread=94039#t94039 ).

Am J Hum Genet. 2000 Feb;66(2):674-86.
Y chromosomes traveling south: the cohen modal haplotype and the origins of the Lemba--the "Black Jews of Southern Africa".
Thomas MG, Parfitt T, Weiss DA, Skorecki K, Wilson JF, le Roux M, Bradman N, Goldstein DB.
http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=1288118&blobtype=pdf

История вопроса:
( Read more... )
Разделение евреев на касты:
( Read more... )
Для высшего еврейского жречества (фамилии Коген, Коган, Кохен, Коэн, Кон, Кахана и т.п.) характерен уникальный гаплотип - CMH, практически не встречающийся у других этносов.
( Read more... )
Клан Буба - потомки еврейских жрецов?
( Read more... )
Выводы:
( Read more... )
The genetic evidence revealed in this study is consistent with both a Lemba history involving an origin in a Jewish population outside Africa and male-mediated gene flow from other Semitic immigrants (both of these populations could have formed founding groups for at least some of the Lemba clans) and with admixture with Bantu neighbors; all three groups are likely to have been contributors to the Lemba gene pool, and there is no need to present an Arab versus a Judaic contribution to that gene pool, since contributions from both are likely to have occurred. The CMH present in the Lemba could, however, have an exclusively Judaic origin.
( Read more... )
P.S. Знакомый из Израиля рассказал, что в местной прессе прошло сообщение об обнаружении в эквадорских горных лесах низкорослого племени, которое подозревают в происхождении от насильственно христианизированных евреев, бежавших из Испании. Подтверждений я пока не вижу, но чем черт не шутит:)

Обнаружил полупопулярный текст, написанный мной около года назад по следам передачи, посвященной возможности создания этноспецифичного оружия. В тексте я выступаю адвокатом дьявола, доказываю возможность создания такого оружия и предлагаю схему. Отсебятина и, возможно, бред :)

http://www.echo.msk.ru/programs/albac/52222/
Александр Баранов - президент Общенациональной Ассоциации Генетической Безопасности
Светлана Боринская - кандидат биологических наук, сотрудница лаборатории анализа генома Института общей генетики РАН
Алексей Масчан - заместитель директора Федерального центра детской гематологии, онкологии и иммунологии
( Read more... )
Резюмирую. Что говорит в пользу возможности создания этнического биооружия:
( Read more... )
Какие трудности возникают при разработке этнического биооружия:
( Read more... )

- Стану спорить. Нет никакого Бермудского треугольника. Есть треугольник а бэ цэ, который равен треугольнику а-прим бэ-прим цэ-прим. Вы чувствуете, какая унылая скука заключена в этом утверждении? Вот в средние века было интересно. В каждом доме жил домовой, в каждой церкви - Бог... Люди были молоды! А теперь каждый четвертый - старик. Скучно, мой ангел, ой как скучно.

- Но вы же сами говорили, что Зона - порождение сверхцивилизации, которая...

- Тоже, наверное, скука. Тоже какие-нибудь законы, треугольники, и никаких тебе домовых, и уж, конечно, никакого Бога. Потому что если Бог - это тот самый треугольник... хм, то и уж просто и не знаю...

В 1954 году А.А.Нейфах отправил в "Известия АН. Серия биологическая" статью, в которой предсказал некоторые свойства генетического кода, в том числе неперекрываемость. Статью отклонили с резолюцией А.Н.Белозерского "формальные математические соображения неприменимы к такой самобытной науке, как биология". Через несколько месяцев на тему неперекрываемости кода вышла известная работа Г.А.Гамова.
http://idbras.comcor.ru/personal/Neyfakh.html
http://www.znanie-sila.ru/projects/issue_100.html
http://www.znanie-sila.ru/online/issue_1462.html

Влияние Белозерского - возможная причина математической глухоты спиринской школы молекулярной биологии?

Политический и экономический анализ - это задачи на оптимизацию (точнее, из теории игр), правозащита же требует лишь соблюдения граничных условий (прав человека). Сравнительная простота правозащитного анализа оказывается полезной при рассмотрении довольно запутанной ситуации с войной в Осетии:

( Read more... )

Таким образом,в рамках данной модели при определенных соотношениях вероятностей вымирания и расхождения видов будет наблюдаться равновесие (эволюционный тренд будет отсутствовать). Что известно про это равновесие и играет ли оно какую-то роль в эволюционной теории?

X-post: http://community.livejournal.com/darwiniana/31902.html

X-post: http://community.livejournal.com/darwiniana/31698.html

С эволюционной точки зрения старение может быть вызвано ослаблением действия естественного отбора на поздних стадиях жизни, когда появление потомства становится маловероятным или невозможным. Эта гипотеза подтверждена многолетними (см. график) экспериментами на дрозофиле, в ходе которых в нескольких группах популяций (обозначенных B, O, CO, ACO, NRO, NRCO) контролировали верхнюю границу репродуктивного возраста, отбирая для размножения яйца, снесенные родителями до достижения ими определенного возраста (ось абсцисс, в днях).

( схема эксперимента )
Повышение или понижение верхней границы репродуктивного возраста приводило соответственно к увеличению или уменьшению средней продолжительности жизни в 1.5 - 2.5 раза.

( ссылки )
Отсюда вытекает любопытное следствие, связанное уже с демографией человека. В развитых странах происходит заметный сдвиг сроков рождения детей, обусловленный культурными и социальными факторами.  Эволюционная теория старения позволяет предположить, что  этот сдвиг приведет к увеличению продолжительности  жизни человека.  Справедливости ради нужно отметить, что соответствующие эффекты у мух проявляются лишь через несколько сотен поколений.
X-post: http://community.livejournal.com/darwiniana/30870.html

Землю захватили триплоидные инопланетяне. У них три равноправных пола, каждый одинаково необходим для возникновения зиготы из гаплоидных гамет. Инопланетное общество сильно милитаризировано и подчинено задаче захвата новых планет. В частности, преимущественно размножаются особи среднего роста: слишком высокие плохо приспособлены для космических полетов, а слишком низкие вызывают насмешки сослуживцев. Известно, что рост контролируется одним локусом с двумя аллелями: A – высокий рост, а – низкий рост, тип аллельных взаимодействий – неполное доминирование.

Пусть приспособленность генотипа (аллеля) соответствует доле особей с данным генотипом (аллелем), принимающих участие в размножении, и обозначается на основе буквы W. Тогда предполагаем, что WAAA=1-s, Waaa=1-t, WAAa=WAaa=1.

Определите равновесную частоту аллеля А.

(Предполагалось, что со стандартным диплоидным вариантом этой же задачи и с равновесием Харди-Вайнберга для триплоидного случая школьники знакомы)

X-post: http://community.livejournal.com/ru_genetics/97614.html

http://yakov-krotov.livejournal.com/124684.html
Председатель союза креационистов штата Вессочусетс возмутился передачей останков ископаевого херувима в Смитсонианский институт и потребовал, чтобы они были захоронены на военном Арлингтонском кладбище. Останки представляют собой известковую плиту размером в девять квадратных метров, на которой отпечаталось изображение шестикрылого млекопитающего, состоящего практически из одной головы, жившего в мезузозойскую эру. По мнению креационистов, это вовсе не животное, а один из ангелов, погибших в борьбе с сатаной.

P.S. Вроде бы считается, что изменение числа конечностей тетрапод (в результате макромутации, например) невозможно. Но доказательство мне не попадалось.

Этой теме посвящена многочисленная литература, с которой я практически не знаком. Просто скажу о двух любопытных примерах.

Социологический/экономический аспект интересно и правдоподобно описан Владиславом Иноземцевым:
http://bookap.by.ru/okolopsy/inozemcev/gl11.shtm
( Read more... )
Культурологический/когнитивный аспект (проблему элитарного и массового искусства, например) любопытно рассмотреть с точки одной гипотезы, высказанной кем-то из отечественных кибернетиков (кажется, Д.А.Поспеловым). Пересказываю ее своими словами. Назовем тезаурусом знания приемника информации (например, человека). "Круг интересов" приемника информации зависит от размера тезауруса. Гипотеза в том, что это распределение унимодальное ("одногорбое"). Слишком маленький тезаурус просто не позволяет воспринять бОльшую часть информации, а слишком большой - делает значительную часть информации тривиальной, неинтересной.

В рамках этой модели заигрывание с массовой культурой, характерное для постмодернистского искусства, серьезное изучеие массовой культуры, характерное для постмодернистской науки и особенно философии - это продукт деятельности специалистов со средним ("оптимальным") размером тезауруса.

Самый сильный образ - иссохшая старуха, просящая отвести ее к маме. Рассказывает, какой сад был у ее отца, читает молитвы. Это же бергмановский персонаж - одряхлевшая, одинокая Фанни! Пытается вернуться в детство.

В апреле вышла статья, продолжающая серию работ Евгения Кунина и коллег по реконструкции молекулярной эволюции клеток на основе данных сравнительной геномики. В работе утверждается, что экзотическая натриевая биоэнергетика, характерная для некоторых бактериальных и архейных анаэробов-экстремофилов, на самом деле первична по отношению к протонной. Любопытно, что одним из первых это предположение высказал В.П.Скулачев.
( Много непонятных букв... )

( И еще... )

Для тех, кто ничего не понял - утешительный приз: знаменитый ролик, иллюстрирующий трехчастный цикл работы каталитического гексамера F-АТФазы (представлены три бета и одна гамма-субъединица) :-)

http://donor-darom.livejournal.com/82685.html



Это поистине рубенсовская модель, но без налета сексуальности, излишней чувственности. В работах Дерюгина мужчины всегда целомудренны, их телесная красота не выходит за рамки приличия.

Нет, ну правда?